Charlize Theron kämpft sich als Rebellin durch eine düstere Zukunft: Im 25. Jahrhundert hat eine Seuche die Menschheit fast vollständig dahingerafft. Die Überlebenden schützen sich in der Stadt Bregna mit hohen Mauern gegen die Außenwelt. Im Namen ihrer Widerstandsgruppe soll die Auftragsmörderin Aeon Flux den Präsidenten töten. Aber als sie ein Netz von Geheimnissen und Intrigen findet, entscheidet die Killerin sich, ihr Opfer nicht umzubringen, sondern zu beschützen ...